Geleitet wird die Europäische Vereinigung der Eisenbahner durch einen sechsköpfigen Vorstand. Dieser wird von der Generalversammlung jeweils auf 3 Jahre gewählt. Dabei ist die Anzahl der stimmberechtigten Delegierten abhängig von den Mitgliederzahlen der nationalen Sektionen. Als Entscheidungsgremium gibt es dann noch den Verwaltungsrat, der zweimal jährlich zusammenkommt und über die vorliegenden Anträge beschließt.
Der amtierende europäische Vorstand der A.E.C. wurde am 16.05.2022 gewählt und besteht aus folgenden Mitgliedern:
General Präsident: Giuseppe CIRILLO
Vizepräsident: Nicolae Viorel DUŦU
Generalsekretär: Malgorzata BOCZEK-KWACZYNSKA
stellvertr. Generalsekretär: Xose Carlos FERNANDEZ DIAZ
Schatzmeister: Jacques MATTER
stellvertr. Schatzmeister: Luc VAN MELE
Kassenprüfer: Josef TEMMEN, Francisco GONZALEZ PEREZ
